Un beau jour, sur l'île où vivent Yoshi et ses amis, un livre parlant du nom de Mysterius tombe soudainement du ciel.

es pages de cet ouvrage contiennent des informations sur d'étranges créatures, et Yoshi décide de s'y aventurer ! Yoshi fera toutes toutes sortes de découvertes sur les nombreuses et étranges créatures qui s'y trouvent, et ces informations seront ensuite ajoutées aux pages de Mysterius.