Dans un futur lointain, une hormone psionique octroyant des pouvoirs extrasensoriels est découverte dans le cerveau humain. Le monde tel que nous le connaissons a disparu. Alors que l'humanité s'apprêtait à connaître une nouvelle ère, des mutants agressifs, baptisés 'les Autres', arrivèrent du ciel en quête de cerveaux humains. Très résistants aux méthodes d'attaque conventionnelles, des mesures extrêmes furent nécessaires pour repousser cette menace et sauver l'humanité. Les personnes aux capacités extrasensorielles les plus aiguisées, appelés psioniques, nous permirent de faire face à cette attaque céleste. Depuis lors, on recherche les psioniques pour les recruter dans la Brigade d'élimination des Autres (BEA), la dernière ligne de défense de l'humanité. Incarnez Yuito Sumeragi, une nouvelle recrue de la BEA aspirant à devenir un psionique d'élite, tout comme la personne qui l'a sauvé quand il était enfant. Armé du pouvoir de psychokinésie, explorez la ville futuriste de Néo-Himuka et plongez dans cet univers où se mêlent technologie et pouvoirs psychiques dans SCARLET NEXUS.