Les manettes Joy-Con multiplient les possibilités de gameplay :

- Les deux Joy-Con peuvent être utilisés de manière autonome, un dans chaque main, ou ensemble pour former une manette unique en les emboîtant de chaque côté du support Joy-Con (vendu séparement).

- Ils peuvent être fixés à la console pour une utilisation en mode nomade, ou partagés avec un ami pour profiter de parties à deux joueurs dans les jeux compatibles.

- Chaque Joy-Con dispose de tous les boutons lui permettant de servir de manette à part entière. Chacun d'eux incorpore un accéléromètre et un gyroscope, ce qui permet d'utiliser la fonctionnalité de capteur de mouvements des deux Joy-Con de manière indépendante.

- Le Joy-Con gauche dispose d'un bouton de capture d'écran qui permet aux joueurs de prendre instantanément des captures d'écran en cours de jeu afin de les partager avec des amis sur les réseaux sociaux.

- Le Joy-Con droit incorpore une zone NFC qui permet d'interagir avec les amiibo, ainsi qu'une caméra infrarouge à détecteur de mouvements pouvant détecter la distance, la forme et le mouvement des objets à proximité dans les jeux conçus pour utiliser cette fonctionnalité. Par exemple, il peut détecter à quelle distance se trouve la main d'un joueur, ou encore quelle forme elle prend.

- Les deux Joy-Con incluent des vibrations HD avancées qui permettent de reproduire des vibrations plus réalistes que jamais avec les jeux compatibles. L'effet est si détaillé que le joueur peut, par exemple, ressentir les vibrations distinctes des glaçons qui s'entrechoquent dans un verre en secouant le Joy-Con. Avec les vibrations HD, vous ferez l'expérience d'un niveau de réalisme que les images et le son seuls ne suffisent pas à reproduire.