Keiichi Maebara est transféré dans une école situé à Hinamizawa, un petite village du Japon. Sa nouvelle vie commence plutôt bien avec ses quatre nouvelles camarades de classe, Rena, Mion, Satoko et Rita qui l'acceptent dans leur club de jeux de société. Mais Keiichi apprend qu'il y a quatre ans, les villageois se sont réunis pour empêcher la construction d'un barrage qui aurait détruit le village entier. Le conflit se serait terminé par un meutre et une disparition mystérieuse... Depuis, à la même date, ces faits dramatiques semblent se reproduire chaque année...