Steve Rogers, frêle et timide, se porte volontaire pour participer à un programme expérimental qui va le transformer en un Super Soldat connu sous le nom de Captain America. Allié à Bucky Barnes et Peggy Carter, il sera confronté à la diabolique organisation HYDRA dirigée par le redoutable Red Skull.

Après les événements cataclysmiques de New York, Steve Rogers/Captain America vit tranquillement à Washington, D.C. et essaye de s'adapter au monde moderne. Mais quand un collègue du S.H.I.E.L.D. est attaqué, Steve se retrouve impliqué dans un réseau d'intrigues qui met le monde en danger. S'associant à Black Widow, Captain America lutte pour dénoncer une conspiration grandissante, tout en repoussant des tueurs professionnels envoyés pour le faire taire. Quand l'étendue du plan maléfique est révélée, Captain America et Black Widow sollicite l'aide d'un nouvel allié, le Faucon. Cependant, ils se retrouvent bientôt face à un inattendu et redoutable ennemi : le Soldat de l'Hiver.

Steve Rogers est désormais à la tête des Avengers, dont la mission est de protéger l'humanité. À la suite d'une de leurs interventions qui a causé d'importants dégâts collatéraux, le gouvernement décide de mettre en place un organisme de commandement et de supervision. Cette nouvelle donne provoque une scission au sein de l'équipe : Steve Rogers reste attaché à sa liberté de s'engager sans ingérence gouvernementale, tandis que d'autres se rangent derrière Tony Stark, qui contre toute attente, décide de se soumettre au gouvernement...

Peu après avoir fait la connaissance du nouveau président des Etats-Unis Thaddeus Ross, Sam Wilson se retrouve plongé au coeur d'un gigantesque incident international. Dans une lutte acharnée contre la montre, il se retrouve contraint de découvrir la raison de cet infâme complot avant que le véritable cerveau de l'opération ne mette bientôt le monde entier à feu et à sang…