2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l'espace. Il est condamné à mort, mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l'assassiner, s'infiltre dans l'Arcadia, alors qu'Albator décide d'entrer en guerre contre la Coalition Gaia afin de défendre sa planète d'origine, la Terre. Au coeur d'affrontements interstellaires, une bataille décisive s'engage pour l'avenir de l'humanité.