La planète Koppaï est à court de nourriture! Les explorateurs Alph, Brittany et Charlie sont envoyés en mission afin de trouver des ressources pour sauver leur monde. Dispersés sur la mystérieuse planète PNF-404, ils se lancent à la découverte de ses terres luxuriantes, peuplées de monstres et de... Pikmin?! Ces créatures étranges à l'allure de petites plantes humanoïdes sont toujours prêtes à rendre service.

Bien pratiques, elles sont dotées de capacités spéciales selon leur couleur. Avec les trois explorateurs, commandez vos armées de Pikmin pour récupérer de précieux fruits, vous défendre des monstres, déblayer un cheminou même encore résoudre des énigmes ! Faites preuve de stratégie dans ce jeu de gestion pas aussi mignon qu'il n'y paraît: la nuit, des créatures rôdent et dévorent vos Pikmin si vous ne rentrez pas à temps à la base...